Un militar que apareció en la televisión estatal citó el deterioro de la situación de seguridad para defender el golpe militar.
Kaboré se había enfrentado a un creciente descontento por su fracaso en detener una insurgencia islamista.
Su paradero no está claro de momento, pero el oficial dijo que todos los detenidos están en un lugar seguro.
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El golpe se produce un día después de que las tropas tomaran los cuarteles y se escucharan disparos en la capital, Uagadugú.
Anteriormente, el partido gobernante, Movimiento Popular para el Progreso (PMP), dijo que tanto Kaboré como un ministro del gobierno sobrevivieron a un intento de asesinato.
Qué sucedió
El domingo, las tropas amotinadas exigieron el despido de los jefes militares y más recursos para combatir a los militantes vinculados al autodenominado grupo Estado Islámico (EI) y al Qaeda.
El comunicado del ejército dijo que Kaboré no logró unir a la nación ni lidiar de manera efectiva con la crisis de seguridad que "amenaza los cimientos mismos de nuestra nación".
El texto fue emitido a nombre de un grupo del que no se había oído hablar anteriormente, el Movimiento Patriótico de Salvaguardia y Restauración o MPSR, sus siglas en francés.
Aunque la leyó otro oficial, la declaración fue firmada por el teniente coronel Paul-Henri Sandaogo Damiba, quien se cree que es el líder del golpe y un alto comandante con años de experiencia en la lucha contra los militantes islamistas.
El comunicado dice que el parlamento y el gobierno fueron disueltos y la constitución suspendida, pero promete un "regreso al orden constitucional" dentro de un "tiempo razonable".
Los militares también anunciaron el cierre de las fronteras de Burkina Faso.
Reacciones
El secretario general de la ONU, António Guterres, condenó el golpe y pidió a los militares que "garanticen la protección y la integridad física" de Kaboré.
La Unión Africana y el bloque regional, Ecowas, también condenaron la toma del poder por la fuerza, y Ecowas dijo que responsabiliza a los soldados del bienestar del presidente depuesto.
Anteriormente, la noticia de su detención fue recibida con aplausos y celebraciones en Uagadugú, según informa Anne Soy, corresponsal de la BBC en África.
Imágenes de video de la capital en redes sociales parecen mostrar vehículos blindados, supuestamente utilizados por la presidencia, salpicados de agujeros de bala y abandonados en la calle.
Los servicios de internet móvil se han interrumpido, aunque la línea fija de teléfonos y la internet doméstica están funcionando.
Durante el último año, varias naciones africanas han sufrido golpes de Estado. Entre ellas han estado Chad, Guinea, Mali y Sudán.
Burkina Faso, una antigua colonia francesa, ha sufrido una inestabilidad crónica desde que obtuvo la independencia en 1960, incluidos varios golpes de Estado.
El nombre del país, que significa "tierra de los hombres honestos", fue elegido por el militar revolucionario Thomas Sankara, quien tomó el poder en 1983. Fue derrocado y asesinado en 1987.
Desde 2015, el país ha estado luchando contra una insurgencia islamista que se extendió desde el vecino Malí. Esto ha alimentado la ira de los militares y ha dañado la otrora importante industria turística.
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